精灵宝可梦下期的玩法主要包括以下几个方面：
二周目剧情
在成为关都冠军后，剧情会自动解锁飞行能力，可以捕捉地面所没有的宝可梦和穿越以前不能穿越的障碍。
二周目的主线是捕获超梦和高个体宝可梦，并打败所有的大师训练家。
收集宝可梦图鉴
收集到150宝可梦图鉴（不包含梦幻和美录坦）可以在玉虹市玉虹大厦三层左侧房间找游戏总监，领取闪耀护符。
挑战大师训练家
在所有地区都会出现各种各样的大师训练家，每个大师训练家都有一个大师级宝可梦，需要用他们要求的宝可梦进行一对一的战斗。
打败6名不同的大师训练家后，赤红会出现在宝可梦联盟门口，胜利之后可以获得战斗大师的称号。
与特定宝可梦的战斗
在华蓝洞里打败碧蓝后，她会在华蓝市喷泉边上每天都能挑战一次。
在玉虹市的玉虹大楼3楼可以找到森本茂树，战胜他可以获得10个极限增强剂。
